Nadační fond Profesora Pavla Pafka v souladu se svými stanovami podporuje hlavně vzdělání lékařů a sester III. chirurgické kliniky 1. LF UK a FN Motol.
Každoročně pořádá a organizuje „Setkání a seminář endokrinologů, chirurgů a lékařů nukleární medicíny“ a účasti odborníků z celé České republiky.
Pražské chirurgické dny
Gastroenterologické kongresy
Mezinárodní kongres miniinvazní a robotické chirurgie
Kongres České transplantační společnosti v Olomouci
Podlahovy chirurgické dny v Mikulově
University of Pittsburgh Medical Center, Division of Thoracic and Foregut Surgery, které se zúčastnil MUDr. Haruštiak v dubnu 2013
24. konference European Society of Thoracic Surgeons, které se zúčastnil Doc. Stolz v květnu 2013
36. konference o cystické fibroze v Lisabonu, které se zúčastnila Mgr. Hodková v květnu 2013
4. Evropská konference karcinomu plic v Ženevě, které se zúčastnila MUDr. Myšíková v květnu 2014
38. Evropská konference o cystické fibróze v Bruselu, které se zúčastnila Mgr. Hodková v červnu 2015
stáž na klinice hrudní chirurgie nemocnice Gasthuisberg při Katolické Univerzitě v Lovaňi (Katholieke Universiteit Leuven) v Belgii, které se zúčastnil MUDr. Šnajdauf v listopadu 2015
V roce 2015 byl za přispění částky 600.000 Kč od Nadace ČEZ zakoupen pro potřeby III. chirurgické kliniky 1.LF UK a FN Motol ultrazvukový přístroj TOSHIBA. V roce 2017 přispěla Nadačnímu fondu Profesora Pavla Pafka Nadace ČEZ částkou 1 000 000 Kč. Prostředky byly využity na digitalizaci operačního sálu III. chirurgické kliniky 1.LF UK a FN Motol.